تا اینکه در آغاز قرن نهم هجری، سلسله ایرانی تبار صفویه که نژاد کرد داشتند به همت شاه اسماعیل صفوی (930-905 قمری) روی کار آمد و اساس استقلال ملی ایران را پس از حدود نهصد سال بنا نهاد و با رسمی کردن مذهب تشییع در ایران ضمانت وحدت قومی و ملی ما را فراهم ساخت.

روی کار آمدن صفویه همزمان با اوج قدرت سلاطین عثمانی بود که خود را خلیفه اسلام و مالک الرقاب سرزمینهای اسلامی می دانستند اما صفویه در مقابل آنها شجره ای برای خویش ساخته و خود را به دودمان امام هفتم شیعیان منسوب داشتند و حق خلافت و ولایت را به خویش منتسب کردند و در مقابل ترکان عثمانی قد برافراشتند در نتیجه ترکان عثمانی به کینه توزی با صفویه پرداختند و با ازبکان هم نژاد و هم مذهب خویش در شرق خراسان متحد شدند و آنها را به تاخت و تاز و ویرانی هر چه بیشتر خراسان واداشتند تا عثمانی ها از مغرب و ازبکان از مشرق کشور نوپای ایران را بار دیگر بین خویش تقسیم کرده و مذهب تسنن را جایگزین مذهب تشییع نموده و حکومت صفویه را پراندازند. اما پذیرش مذهب شیعه از سوی ایرانیان که صفوی متکی بر آن و حامی آن بودند نقش اصلی را سرانجام در استقلال ایران ایفا کرد و این کشور نوپا را در برابر حملات دشمنان محفوظ و مصون داشت از مهمترین متحدان شاه اسماعیل کردان چشمگزگ مستقر در شرق امپراطوری عثمانی بودند که از دیرباز مذهب تشیع را داشتند.

 چون سلطان سلیم امپراطورعثمانی طرح شیعه کشی خود را در کشور آغاز کرد حاج رستم بگ چشمگزگ با چندین هزار خانوار کرد از ایل و تبار خود به یاری شاه اسماعیل آمد که سرانجام پس از شکست شاه اسماعیل در جنگ چالدران ، این امیر کرد با چهل تن از دیگر سران کرد به اتهام همکاری با شاه اسماعیل به نامردی گردن زده شدند. جنگ چالدران در دوم ماه رجب 920 قمری اتفاق افتاد شاه اسماعیل که نمی خواست در آغاز کار با سلاطین عثمانی درگیر شود پیش از جنگ چالدران همت خویش را مصروف مرزهای شرقی کشور نمود تا ازبکانی را که به خراسان تاخته و به قتل و غارت و ویرانی شهرها و روستاها پرداخته بودند گوشمالی دهد. او در جنگ مرو با یاری سپاهیان فداکارش از جمله کردهای شیعه مذهب پیروز شد و ازبکان را به سختی شکست داده و از خراسان بیرون راند و در کاسه سر شیبک خان ازبک شراب نوشید (916 قمری) . شاه اسماعیل و شاه تهماسب و شاه عباس هر کدام به نوبه خویش ایالت و طوایف زیادی را از کردان شیعه مذهب خود به خراسان منتقل ساختند تا در برابر تاخت و تاز ازبکان سنی مذهبی، از کیان خراسان دفاع نمایند.

از مهمترین کردانی که در زمان شاه اسماعیل و شاه تهماسب وارد خراسان شده اند، می توان از کردان کلهر، قهرمانلو و چگنی نام برد. چگنی ها که قدرت و جمعیت چشمگیری داشتند به فرماندهی بوداق خان چگنی با دیگر ازبکان را که به خراسان تاخته بودند گوشمالی سخت داده و بیرون راندند.

 بوداق خان در زمان شاه تهماسب فرمانروای سرزمنیهای اسفراین، بجنورد، شیروان، قوچان، مشهد و درگز بود و جنگ های فراوانی با ازبکها انجام داد. پس از فوت شاه تهماسب در سال 984 قمری چند سالی به علت اختلافات سران قبایل کرد و ترک شیعه مذهب و جانشینان نالایق از جمله شاه اسماعیل دوم و سلطان محمد صفوی فتور عظیمی در دستگاه سلطنتی صفوی روی داد و می رفت شیرازه نظام و استقلال ایران بار دیگر پاشیده شود که با همت سران کرد مستقر در خراسان از جمله کردان چگنی و چاپشلو و استاجلو کلهر و قهرمانلو با مستقر در هرات و قاجارهای مستقر در جنوب خراسان شاه عباس صفوی که کودکی بیش نبود به همت مرشد قلی خان کرد استاجلو بر سریر پادشاهی نشست و بار دیگر آب رفته را به جوی بازآورد و دشمنان ایران را به شدت تنبیه کرد یکی از علل شکست های شاه اسماعیل و شاه تهماسب در جنگ با سلاطین ترک عثمانی، نزدیک بودن شهر تبریز به عنوان پایتخت ایران به سرزمین دشمن بود که در هر فرصتی عثمانی ها آن را اشغال می کردند.

 لذا شاه تهماسب ناچار شد پایتخت را به قزوین که در داخل ایران و دورتر از دسترس دشمن بود  انتقال دهد.

در سال 996 قمری که شاه عباس از خراسان به قزوین رفت و بر تخت شاهی نشست بار دیگر ازبکان به فرماندهی عبدالمؤمن خان ازبک از موقعیت استفاده کرده و به خراسان تاختند و شهرهای هرات و مشهد را تصرف کرده و به خاک و خون کشیدند و به سوی سبزوار و اسفراین پیشروی نمودند. تنها بوداق خان چگنی بود که توانست خراسان شمالی و مرکز فرماندهیش را در قوچان از شر دشمنان نجات دهد. در چنین روزگار آشفته ای که ازبکان به سوی پایتخت ایران می تاختند.شاه عباس نقشه ای چید و بسیاری از کردهای چشمگزک را که در قفقاز و آذربایجان متوقف بودند به نواحی شرقی قزوین منتقل ساخت که آنها را از شرق پایتخت تا تهران وخوار و ورامین و دامنه های رشته کوههای دماوند و البرز را زیر پوشش استحفاظی خود قرار دادند و همچون دیواری آهنین بین پایتخت و ازبکان قرا گرفتند.
حدود سال 1000 قمری بود که شهر اسفراین پس از چند شبانه روز مقاومت در برابر ازبکان و دفاع جانانه قباد خان کرد کلهر و ابومسلم خان چاپشلو استناجلوئی سرانجام سقوط کرد و ازبکها این شهر را که از آغاز حکومت صفویه تا کنون بارها تخریب و غارت کرده بودند، این بار به کلی ویران نموده و به سوی دامغان و سمنان پیشروی خود را آغاز نمودند تا پایتخت را مورد تهدید قرار دهند. ازبکان این زمان شهر مشهد را بکلی ویران و مردم آن را که به فرماندهی خان استاجلو مقاومت می کردند پس از چند ماه محاصره و تصرف شهر قتل عام کردند بقیه سپاهیان ویرانگر ازبک و مغول که از حدود سیستان و یزد خود را به نواحی مرکزی ایران یعنی کاشان و اراک رسانده و مردم بی دفاع آن نواحی را کشتار و شهرها را ویران و زنان و کودکان را به اسارت گرفته و به سوی خوار و ورامین پیشروی می کردند که در آنجا با کردهای محافظ پایتخت مواجه شده و شکست سختی را از کردها متحمل گشته و با بجا گذاشتن اسرا و غنایم ناچار به فرار شدند و به خراسان رفتند. شاه علی خان کرد چشمگزگ که این زمان ریاست کردهای چشمگزگ را بر عهده داشت شاه عباس را وادار ساخت تا برای سرکوب کامل ازبکان در تعقیب آنان روانه خراسان شدند.

جنگهای شاه عباس در خراسان با ازبکان از سال 1000 قمری تا 1010 قمری بطور پراکنده ادامه داشت که در نتیجه مرزهای ایران پس از یکهزار سال به دوره امپراطوری ساسانیان در شرق رسید. سرزمین های بلخ و مرو و بخارا و خوارزم به وسیله سپاهیان شیروان ایران مفتوح شد و ازبکان از آنجا بیرون رانده شدند.

در این سالها تقریباً تمام کردهای مستقر در حدود تهران وارد خراسان شدند و در نواحی شمالی این ایالت مستقر گشتند و در سال 1011 قمری که تقریباً آرامش به خراسان بازگشته بود شاه عباس از بلخ به هرات و مشهد بازگشت و از راه چناران و رادکان شکارکنان به خبوشان (قوچان) آمد و حکومت درگز (درون) را نیز به خطه قوچان ضمیمه کرد و آنرا به شاه قلی سلطان جد امرای بعدی کرد خراسان تفویض داشت و در درگز لقب امیرالامرایی داد. به قول مؤلف عالم آرای عباسی، شاهقلی سلطان غلام خاصه شریفه چشمگزگ (زعفرانلو) را به رتبه والای ایلت و خانی سربلند گردانیده، حکومت اسکای درون (ایبورد و تسا و درگز) را به او عنایت فرمودند و خاطر از مهمات آنجا جمع فرموده ( از طریق دره جیرستان و گیفان و جلگه ایوب پیغمبر و راز و مینودشت بازگشته) و در اسکای خوار ( و ورامین) به اردوی کیهان پور ملحق شدند. اما کردها که پس از آزادسازی اسفراین از رشته کوه شاه جهان گذشته و وارد جلگه شیروان و قوچان شده بودند نخستین قلعه ای که برای خود ساختند قلعه شیروان بود. پس مرکز فرماندهی به درون (درونگر درگز) منتقل شد و بعد در کنار قصبه خبوشان دژی محکم بنا گردید که سران ایلات معتبر کرد با عوامل نظامی خود در آن مستقر شدند و آنجا را به مرکز قدرت رزمی خود بدل ساختند که به کردآباد یا کرد محله معروف شد و بعدها این دژ در جنگ بین عباس میرزا نایب السلطنه قاجار و رضا قلی خان زعفرانلو ایلخانی کرد ویران گردید و شاهان بعدی قاجار تعمیر آنرا به خوانین بعدی کرد ندادند.
دیگر شهرهای شمالی خراسان از جمله قوچان کنونی ، شیروان، بجنورد، آشخانه، اسفراین (میان آباد) چناران و رادکان و درگز را کردها ساخته اند. استقرار ایلات کرد در خراسان با استقرار ایلات کرد خراسان که قریب به پنجاه هزار خانوار بودند، اوضاع سیاسی و اقتصادی و اجتماعی این ایالت ویران شده از تاخت و تاز مغولان و ازبکان دگرگون شد و خون تازه ای در شریانهای آن به جریان افتاد و امنیت برقرار گردید.